Dự thảo bổ sung việc quản lý, sử dụng số tiền thu được từ khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia trong trường hợp doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt trực tiếp tổ chức khai thác tài sản như sau:

(i) Số tiền thu được từ phí, lệ phí được quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí, pháp luật về ngân sách nhà nước và pháp luật có liên quan.

(ii) Số tiền thu được từ cung cấp dịch vụ quy định tại khoản 5 Điều 17 Nghị định này, doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt được sử dụng 80% để chi trả các chi phí có liên quan đến hoạt động quản lý, khai thác tài sản, trả nợ vốn vay, vốn huy động liên quan đến khai thác tài sản (nếu có) để đầu tư, nâng cấp, mở rộng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt và thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước theo quy định của pháp luật và phải hạch toán vào doanh thu của doanh nghiệp; phần còn lại (20%) nộp vào ngân sách nhà nước. Việc quản lý, sử dụng số tiền doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt được sử dụng (80%) thực hiện theo cơ chế tài chính của doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt.

Bộ Tài chính cho biết lý do của đề xuất này là: Qua thực tế triển khai hoạt động khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia tại Tổng công ty đường sắt Việt Nam trong thời gian qua thì quy định tại Nghị định 46/2018/NĐ-CP có một số tồn tại, vướng mắc như: Không phê duyệt được dự toán chi phí có liên quan đến việc khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do thiếu các tiêu chuẩn, định mức, chế độ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định; thiếu cơ sở để phê duyệt các nội dung chi ngoài định mức do doanh nghiệp thực hiện và chịu trách nhiệm. Việc xây dựng hệ thống định mức này cũng rất phức tạp, cần nhiều thời gian xây dựng, thẩm định, ban hành, đồng thời cũng không bao quát toàn bộ các yếu tố chi phí có thể phát sinh trong tương lai. Do vậy, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã phải chủ động dùng nguồn vốn kinh doanh của doanh nghiệp để chi trả kịp thời cho các khoản chi phí phát sinh liên quan đến việc khai thác, cho thuê tài sản, có thể phải tạm thời hạch toán vào chi phí kinh doanh trong kỳ kế toán, ảnh hưởng đến nguồn vốn kinh doanh, các chỉ tiêu tài chính và hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp. Như vậy, quy định trên chưa đảm bảo phù hợp giữa quyền và trách nhiệm của doanh nghiệp, làm giảm động lực của doanh nghiệp đối với việc khai thác, cho thuê tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.