Cụ thể, việc sắp xếp, kiện toàn các cơ quan, tổ chức của chính quyền địa phương khi sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã phải bảo đảm nguyên tắc thống nhất và gắn với việc sắp xếp tổ chức Đảng và tổ chức chính trị - xã hội cùng cấp theo hướng dẫn của cấp có thẩm quyền.

Việc tổ chức chính quyền địa phương ở đơn vị hành chính hình thành sau sắp xếp được thực hiện như sau:

Khi nhập các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã để hình thành một đơn vị hành chính cùng cấp mới thì tổ chức chính quyền địa phương và hoạt động của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân của đơn vị hành chính mới thực hiện theo quy định tại Điều 134 của Luật Tổ chức chính quyền địa phương và các nghị quyết của Quốc hội về tổ chức chính quyền đô thị;

Khi điều chỉnh một phần diện tích tự nhiên và dân số của đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã để hình thành đơn vị hành chính cùng cấp thì tổ chức chính quyền địa phương và hoạt động của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân của đơn vị hành chính hình thành sau sắp xếp thực hiện theo quy định tại Điều 136 và Điều 137 của Luật Tổ chức chính quyền địa phương và các nghị quyết của Quốc hội về tổ chức chính quyền đô thị;

Trường hợp Hội đồng nhân dân cấp huyện, cấp xã do điều chỉnh địa giới đơn vị hành chính để thực hiện việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã mà không còn đủ hai phần ba tổng số đại biểu Hội đồng nhân dân thì thực hiện theo quy định tại Điều 138 của Luật Tổ chức chính quyền địa phương.

 Khóa của Hội đồng nhân dân ở đơn vị hành chính hình thành sau sắp xếp được xác định như sau:

Trường hợp đơn vị hành chính được hình thành trên cơ sở nhập các đơn vị hành chính cùng cấp và có tên gọi khác với tên gọi của đơn vị hành chính được nhập thì khóa của Hội đồng nhân dân ở đơn vị hành chính sau sắp xếp được tính lại từ đầu (khóa I) kể từ thời điểm thành lập;

Trường hợp đơn vị hành chính được hình thành trên cơ sở nhập, điều chỉnh địa giới các đơn vị hành chính và thay đổi tên gọi hoặc loại hình đơn vị hành chính thì khóa của Hội đồng nhân dân ở đơn vị hành chính sau sắp xếp được tính lại từ đầu (khóa I) kể từ thời điểm thành lập;

 Trường hợp đơn vị hành chính được hình thành trên cơ sở nhập hoặc điều chỉnh địa giới các đơn vị hành chính cùng cấp và giữ nguyên tên gọi và loại hình của một trong các đơn vị hành chính được nhập, điều chỉnh thì khóa của Hội đồng nhân dân ở đơn vị hành chính sau khi nhập, điều chỉnh tiếp tục tính theo khóa của Hội đồng nhân dân ở đơn vị hành chính được giữ nguyên tên gọi.

Việc tổ chức các cơ quan thuộc Hội đồng nhân dân, các cơ quan chuyên môn và tổ chức hành chính khác thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện ở đơn vị hành chính sau sắp xếp được thực hiện như sau:

Khi nhập các đơn vị hành chính cấp huyện để thành lập một đơn vị hành chính mới cùng cấp thì tiến hành nhập nguyên trạng các Ban của Hội đồng nhân dân cấp huyện có cùng chức năng, nhiệm vụ với nhau. Trường hợp nhập đơn vị hành chính cấp huyện có tổ chức Ban Dân tộc thuộc Hội đồng nhân dân cấp huyện với đơn vị hành chính cấp huyện không tổ chức Ban Dân tộc thuộc Hội đồng nhân dân cấp huyện thì khi hình thành đơn vị hành chính cấp huyện mới vẫn tổ chức Ban Dân tộc thuộc Hội đồng nhân dân cấp huyện cho đến khi hết nhiệm kỳ. Việc tổ chức Ban Dân tộc thuộc Hội đồng nhân dân cấp huyện nhiệm kỳ tiếp theo thực hiện theo quy định của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về tiêu chuẩn, điều kiện thành lập Ban Dân tộc thuộc Hội đồng nhân dân cấp huyện;

 Khi nhập các đơn vị hành chính cấp huyện để hình thành một đơn vị hành chính mới cùng cấp thì tiến hành nhập nguyên trạng các cơ quan chuyên môn, tổ chức hành chính khác thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện có cùng chức năng, nhiệm vụ; đối với các cơ quan chuyên môn và tổ chức hành chính khác không cùng chức năng, nhiệm vụ thì việc thành lập, tổ chức lại, giải thể theo quy định của Chính phủ.

 Việc sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp công lập cung ứng các dịch vụ sự nghiệp công cùng loại trên địa bàn đơn vị hành chính sau sắp xếp phải bảo đảm phù hợp với quy mô dân số, bán kính phục vụ, quy hoạch mạng lưới các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc ngành, lĩnh vực, bảo đảm tinh gọn đầu mối, tinh giản biên chế gắn với cơ cấu lại, nâng cao chất lượng đội ngũ viên chức. 

Việc thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện tại đơn vị hành chính sau sắp xếp thực hiện theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền.

Tạm dừng việc bầu, bổ nhiệm các chức danh lãnh đạo, quản lý và tuyển dụng, tiếp nhận cán bộ

Kể từ ngày Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trình Chính phủ đề án sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã của địa phương, tạm dừng việc bầu, bổ nhiệm các chức danh lãnh đạo, quản lý và tuyển dụng, tiếp nhận cán bộ, công chức, viên chức tại các cơ quan, tổ chức trên địa bàn cho đến khi nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp đối với từng đơn vị hành chính có liên quan có hiệu lực thi hành, trừ trường hợp khuyết người đứng đầu cơ quan, tổ chức mà không bố trí được người phụ trách theo quy định của pháp luật thì được bầu, bổ nhiệm chức danh đó.

Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp đối với từng đơn vị hành chính có hiệu lực thi hành, các cơ quan, tổ chức ở đơn vị hành chính mới phải hoàn thành xong việc sắp xếp và kiện toàn tổ chức bộ máy.